11 июля1936 годаРимский папаПий XI издал буллуAd spirituale christianae, которой учредил епархию Сан-Диего, разделив архиепархию Лос-Анджелеса — Сан-Диего на две епархии.
28 февраля2007 года епархия объявила себя банкротом после того, как не смогла достичь соглашения с истцами, обвинявшими священнослужителей епархии в сексуальных домогательствах[1]. 7 сентября 2007 года епархия Сан-Диего согласилась выплатить 198 100 000 долларов для закрытия ста сорока четырёх заявлений истцов[2].