25 марта1968 годаРимский папаПавел VI издал буллу«Nulla nos», которой учредил апостольскую прелатуру Альто-Параны, выделив её из территориальной прелатуры Энкарнасьона (сегодня — Епархия Энкарнасьона). 10 июля 1990 года Римский папа Иоанн Павел II издал буллу «Magna quidem», которой преобразовал территориальную прелатуру Альто-Параны в епархию.
2 февраля 2001 года епархия Альто-Параны была переименована в епархию Сьюдад-дель-Эсте.