3 января 1978 года Римский папаПавел VI издал буллу «Sacer Praesul», которой учредил епархию Трес-Лагоаса, выделив её из епархии Кампу-Гранди. Первоначально епархия Трес-Лагоаса входила в митрополию Куябы.
27 ноября 1978 года епархия Трес-Лагоаса вошла в митрополию Кампу-Гранди.