17 декабря 1956 года Римский папаПий XII издал буллу «Sicut materiam», которой учредил епархию Чиклайо, выделив её из архиепархии Трухильо и епархии Кахамарки. В этот же день епархия Чиклайо вступила в митрополию Трухильо.
7 апреля 1963 года епархия Чиклайо передала часть своей территории новой территориальной прелатуре Чоты.
30 июня 1966 года епархия Чиклайо вступила в митрополию Пьюры.
Ординарии епархии
епископ Daniel Figueroa Villn (17.12.1956 — 30.01.1967);
епископ Ignacio Mara de Orbegozo y Goicoechea (26.04.1968 — 4.05.1998);
епископ Jess Molin Labarte (4.05.1998 — 3.11.2014);