9 мая1969 годаРимский папаПавел VI издал буллуDe animorum bono, которой учредил Территориальная прелатуратерриториальную прелатуру Эскуинтлы, выделив её из архиепархии Гватемалы.
28 июля1994 года Римский папа Иоанн Павел II издал буллу Cum praelatura territorialis, которой преобразовал территориальную прелатуру Эскуинтлы в епархию.