Жуниор — воспитанник клубов «Палмейрас» и «Крузейро». 5 февраля 2022 года в матче Лиги Минейро против «Калденсе» он дебютировал за основной состав последних[2]. 12 февраля в поединке против «Томбенсе» Даниэл забил свой первый гол за «Крузейро»[3]. 9 апреля в матче против «Баии» он дебютировал в бразильской Серии B[4]. По итогам сезона игрок помог клубу выйти в элиту. 11 мая 2023 года в матче против «Флуминенсе» он дебютировал в бразильской Серии A[5]. Летом 2023 года Жуниор перешёл в российский «Ахмат». 20 сентября в поединке Кубка России против санкт-петербургского «Зенита» Даниэл дебютировал за основной состав[6]. В матче против «Балтики» он дебютировал в РПЛ.