22 февраля2001 года патриаршим и синодальным указом Александрийской православной церкви была учреждена Замбийская епископия с кафедрой в Лусаке. Первоначально епархия распространялась только на территорию Замбии.
В октябре 2010 года в пределы Замбийской кафедры вошло Малави, выделенное из состава Зимбабвийской митрополии, в связи с чем митрополия стала именоваться Замбийской и Малавийской.
26 ноября 2018 года решением Священного Синода Александрийской православной церкви территория Малави отошла к отдельной Малавийской епархии[1].
15 февраля 2024 года к территории митрополии была присоединена упразднённая Мозамбикская епархия[2].