Родился 17 июня 1939 года в Варшаве. Имеет итальянские корни[4]. Предки Кшиштофа Занусси по отцу происходят из итальянской области Фриули, располагающейся недалеко от Венеции. Родословная фриульских Занусси прослеживается в письменных документах до XV века. В XIX веке его предок, будучи австрийским подданным, попадает на строительство железных дорог, соединивших впоследствии Вену, Краков и Львов. Поработал он и на территории тогдашней российской части Польши, и так там и остался.
Изучал физику в Варшавском университете (1955—1959) и философию в Краковском университете (1959—1962).
С 1958 года снимал любительские фильмы, получившие ряд премий.
Творчество Занусси критика оценила уже в 1950—1960-е годы, когда он работал в любительском кино. В этот период получили награды девять из одиннадцати его фильмов (в том числе «Трамвай в небо», снятый вместе с Винцентием Ронишем и завоевавший Гран-при на Фестивале студенческих любительских этюдов в 1958 году).[5]
Поступил на режиссёрский факультет Лодзинской киношколы, которую окончил в 1966 году. Дипломный фильм Занусси — «Смерть провинциала» (англ. — «Death оf а Provincial», 1966) — получил приз на Международном кинофестивале в Венеции и главную премию на МКФ в Мангейме, 1967).
Автор ряда документальных и телевизионных фильмов, в том числе «Лицом к лицу» (1967) и «Зачёт» (1968). Первый полнометражный фильм — «Структура кристалла» (польск. — «Struktura krysztau», 1969) сразу же определил место режиссёра в польском кино, закрепив за ним амплуа холодного рационалиста, бесстрастного исследователя нравов современной польской интеллигенции, склонного к постановке самых сложных экзистенциальных проблем.
С начала 1970-х годов Занусси — один из самых работоспособных режиссёров польского кино, снимающий одну-две картины ежегодно, чередуя фильмы полнометражные с телевизионными, в которых — на малой площади — он как бы «отрабатывает» проблематику и сюжетику «больших» лент.
Самым значительным фильмом Занусси восьмидесятых годов был снятый в 1984 году в Польше «Год спокойного солнца».
Автор нескольких сборников телекиносценариев (частично совместно с Э. Жебровским), книг «Беседы о любительском кино» (1978) и «Пора умирать»[6] (1997).
Лауреат «Премио Давид Эуропео» (Италия) за творчество в целом. Художественный руководитель творческого объединения «Тор» с 1980 года, вице-председатель Союза польских кинематографистов (1974—1983).
Наряду с работой в кино и на телевидении, поставил ряд театральных и оперных спектаклей в Польше, Украине, Германии, Италии, Франции, Швейцарии, России, Белоруссии. Так, в 2008 году осуществил постановку спектакля «Дуэт» по пьесе О. Эскина на сцене Новосибирского государственного драматического театра «Старый дом».
Командор ордена «За заслуги перед Литвой» (Литва, 31 августа2006 года)— по случаю пятнадцатилетия восстановления дипломатических отношений между Литвой и Польшей за заслуги в развитии политического, культурного и общественного сотрудничества между двумя странами[15].