Был сыном купца из Брауншвейга. Изучал энтомологию под руководством И. К. Л. Гельвига. Был профессором, директором Берлинского зоологического музея с момента его основания в 1810 году. В 1802—1807 годах Иллигер издавал «Энтомологический журнал» (нем.„Magazin fr Insektenkunde“).
Из отдельных трудов Иллигера выделяется «Систематический очерк млекопитающих и птиц» (лат.Prodromus systematis mammalium et avium; 1811), представлявший собой попытку усовершенствования систематики Линнея.