Инестроса — воспитанник футбольной академии клуба «Атлетико Насьональ». 1 сентября 2011 года в матче против «Ла Экидад» он дебютировал в колумбийской Примере[3]. В своём дебютном сезоне Инестроса стал чемпионом Колумбии. Фреди не смог полностью адаптироваться в основной команде, а также получил травму. В начале 2012 года он перешёл в «Ла Экидад». 5 февраля в матче против «Бояка Чико» Инестроса дебютировал за новую команду[4]. 18 июня в поединке против «Санта-Фе» он забил свой первый гол за «Ла Экидад»[5].
Летом 2014 года Фреди на правах аренды перешёл в испанский «Хетафе». 24 августа в матче против «Сельты» он дебютировал в Ла Лиге, заменив во втором тайме Пабло Сарабию[6]. 9 апреля 2015 года в поединке против «Эльче» Инестроса забил свой первый гол за «Хетафе»[7].
