Интриаго — воспитанник клуба ЛДУ Кито. 25 января 2014 года в матче против «Манты» он дебютировал в эквадорской Примере[3]. 30 августа 2015 года в поединке против «Мушук Руна» Джефферсон забил свой первый гол за ЛДУ Кито[4]. В том же году он помог клубу завоевать серебряные медали.
В 2018 году, после ухода в середине сезона Эрнана Баркоса, Джефферсон Интриаго стал капитаном ЛДУ. По итогам чемпионата «альбос» впервые за восемь лет стали чемпионами Эквадора, а Интриаго завоевал этот титул впервые в карьере[5].