Преподавал в Московской духовной академии на кафедре церковной археологии, а затем общей церковной истории; 27 октября 1868 года был возведён в сан архимандрита; 5 июля 1870 года был хиротонисан во епископа на новообразованную Алеутскую и Аляскинскую епархию с центром в городе Ново-Архангельске (в 1872 году кафедра была перенесена в Сан-Франциско). Провёл на кафедре 7 лет. В 1877 году вернулся в Москву и 12 апреля был назначен членом Московской Синодальной конторы.
С 26 марта 1881 года епископ Иоанн был назначен настоятелем московского Симонова монастыря.
12 августа 1889 года назначен епископом Аксайским, викарием Донской епархии. С 26 ноября 1909 по 23 января 1910 года временно управлял Донской епархией.
Печатнов В. О., Печатнов В. В. Русская православная церковь в Америке: очерки истории 1867—1917. — М.: Общество с ограниченной ответственностью Издательство «Аспект Пресс», 2025. — 448 с. — ISBN 978-5-7567-1369-5.