Когда в 1547 году Иоганн-Фридрих был приговорён императором Карлом V к смерти (а затем помилован) — Иоганн Эрнст продолжил править в Кобурге, его единственной потерей стал переданный императору Кёнигсберг.
Когда в 1553 году Иоганн Эрнст скончался, то Кобург был возвращён выпущенному из заключения Иоганну-Фридриху.