Искандер Хамраев родился в Самарканде. Учился на филологическом факультете Среднеазиатского университета, в 1959 году окончил режиссёрский факультет ВГИКа (мастерская Сергея Герасимова), затем переехал в Ленинград, на Ленфильме в 1961 году снял свой первый фильм «Старожил», через три года — «Поезд милосердия» по повести Веры Пановой «Спутники». Среди его фильмов наиболее известны: «Грядущему веку», «Красная стрела» (в соавторстве с И. Шешуковым), «Соль земли», «Адвокат» («Убийство на Монастырских прудах»). Преподавал в Санкт-Петербургском университете кино и телевидения. Профессор кафедры режиссуры.
Скончался на 76-м году жизни 10 октября 2009 года[2]. Похоронен на Смоленском православном кладбище.