Записал ряд произведений Иоганна Себастьяна Баха и итальянского композитора XVII века Бернардо Стораче. В то же время Халубек не чужд и более современного репертуара: так, в 2007 году штутгартская балетная труппа поставила спектакль на музыку органного концерта Франсиса Пуленка в исполнении Халубека.