Мауро Кабальеро — воспитанник асунсьонского «Либертада». 1 мая 2011 года он дебютировал в парагвайской Примере, выйдя на замену в домашней игре с «Такуари»[3]. 16 декабря того же года Кабальеро забил свой первый гол в рамках Примеры, открыв счёт в домашнем поединке с командой «Депортиво Капиата»[4].
С начала 2013 года Мауро Кабальеро — футболист португальского «Порту», но играл он лишь за резервную команду клуба. Первую половину 2014 года он на правах аренды провёл за португальский «Пенафиел», а в сезоне 2014/15 играл за «Авеш». В сезоне 2015/16 парагваец выступал за клуб швейцарской Суперлиги «Вадуц».
В середине 2016 года Кабальеро перешёл в парагвайскую «Олимпию», а в январе 2017 года — в чилийский «Палестино». В середине 2017 года он подписал контракт с другим чилийским клубом «Сан-Луис Кильота».