Капа — воспитанник клубов «Атлетик Бильбао» и «Эйбар». 20 августа 2011 года в матче против дублёров «Атлетика» он дебютировал в Сегунде B, в составе последнего[2]. 13 октября 2012 года в поединке против «Теруэля» Андер забил свой первый гол за «Эйбар»[3]. В 2013 году Капа помог клубу подняться в более высокий дивизион. 18 августа в матче против «Реал Хаэн» он дебютировал в Сегунде[4]. По итогам сезона Андре помог команде выйти в элиту. 24 августа 2014 года в матче против «Реал Сосьедада» он дебютировал в Ла Лиге[5].
Летом 2018 года Капа вернулся в «Атлетик Бильбао», подписав контракт на четыре года[6].