Свою футбольную карьеру Касерес начал в парагвайском клубе «Атлантида», но на профессиональном уровне дебютировал в «Либертаде», в составе которого он четырежды становился чемпионом Парагвая.
С 2012 года выступал в бразильском «Фламенго», с которым стал обладателем Кубка Бразилии в 2013 году, а также выиграл чемпионат штата Рио-де-Жанейро в 2014 году. С 2015 года выступает в чемпионате Катара.
В составе национальной сборной Виктор Касерес дебютировал 13 октября2007 года в матче со сборной Перу, на сегодняшний день Касерес сыграл в составе сборной 25 матчей. Касерес значился в заявке Парагвая на чемпионат мира 2010.