Команда основана 8 июля 1950 года, домашние матчи проводит на стадионе «Коррехидора». Цвета клуба сине-чёрно-белые.
По окончании сезона 2012/2013, «Керетаро» был понижен в Ассенсо МХ, лигу второго дивизиона. Владелец клуба Амадо Яньес заявив, что болельщики заслуживают домашний клуб высшего дивизиона, выкупил и расформировал клуб высшей лиги «Хагуарес Чьяпас» и использовал его место для возвращения клуба «Керетаро» в высшую лигу[1][2].
Самое большое достижение «Керетаро» в чемпионате Мексики — второе место в чемпионате Клаусуры 2015 года. В следующем году команда завоевала Кубок Мексики (Апертура 2016). В 2017 году «Керетаро» завоевал Суперкубок Мексики.