После получения в 1808 году диплома Кернер провёл несколько лет в путешествиях, пока не осел на курорте Вильдбад, где завёл медицинскую практику. Вместе с Уландом и Швабом составил поэтический альманах (1812) и сборник Deutscher Dichterwald (1813), в котором поместил свои самые известные стихотворения. В 1815 году был официально назначен районным медиком (Oberamtsarzt) в Гайльдорфе, а в 1818 году переведён в Вайнсберг, где он и провёл остаток своей жизни.
Перу Кернера принадлежат медицинские трактаты о животном магнетизме, в том числе описание влияния на организм себациновой кислоты. Его двухтомником «Ясновидящая из Префорста» (рус. пер. 1909) зачитывалась вся Европа; главная героиня — рано умершая духовидица Фредерика Гауффе[нем.][6]. Князь В. Ф. Одоевский под впечатлением от этой книги написал рассказ «Орлахская крестьянка» (1842).
Особняк, выделенный доктору Кернеру городскими властями, был открыт для всех ценителей литературы и искусства. У него в гостях часто бывали поэты Александр Вюртембергский, Василий Жуковский и Николаус Ленау. Также побывал у него бывший шведский король Густав IV.
В 1823 году, по инициативе Юстинуса Кернера, было основано женское общество (Weibertreu-Verein) для помощи бедным женщинам, известным своею самоотверженностью и преданностью[7].
В 1849 году Кернер написал воспоминания о годах детства. Из-за прогрессирующей слепоты в 1851 году отошёл от медицинской практики и в дальнейшем жил под присмотром дочери в Вайнсберге вплоть до своей смерти в 1862 году. В последние годы увлёкся интерпретацией клякс, которые образуются при свёртывании листа бумаги с пролитыми на него чернилами (прототип теста Роршаха). Предваряя эксперименты парижских сюрреалистов с автоматическим письмом, Кернер находил в таких кляксах древнеегипетские мотивы — бабочек, скарабеев и иероглифы[8].
В 1856 году подготовил первую биографию своего кумира Ф. А. Месмера.
Художественные кляксы доктора Кернера
Так называемая Klecksographie Kerner с его метафорическими линиями в метре, написанными его собственным почерком
Память
В честь поэта был назван технический (винный) сорт винограда — Кернер.
