После нескольких лет раздумий, решил оставить Варшаву и в 1888 году принять кафедру Ветхого Завета и семитских языков на Теологический Отдел Ягеллонского Университета. Этого самого года Академия Знаний включила в. Кнапинского в Историческую Комиссию, а после двух лет в Комиссию для Исследований в Области Истории Литературы и Образования в Польше и в издательский комитет «Библиотеки Польских Писателей».
В академических 1889—1890 годах, 1893—1894, 1901—1902 и 1906—1907 был деканом Теологического Отдела, а в 1897 году был единогласно избран на ректора Ягеллонского Университета. Будучи публицистом, занимался ситуацией Католической Церкви в Российской империи и часто о ней писал на страницах «Дневника Познанского» и «Познанского Курьера» а также других газет и журналов. Как писал Чеслав Лехицкий, автор биографии Кнапинского в «Польском Биографическом Словаре», существует 66 отпечаток его артикулов на эту тему. Автор труда — «Дело костел в Остроге на Волыни» («Sprawa o koci w Ostrogu na Woyniu») (Львов1892, изд. 2 — Белый Дунаец — Острог, 2000) — голос о защите католиков в латинском обряде на Волыни и вместе с тем прекрасное свидетельство их привязанность к Вселенской Церкви. Кроме этого в. Кнапинский является, в частности, автором очень обширных статей: «Письмо к определённому католического священника» («пол.List do pewnego kapana katolickiego») (Краков1893), «О кресты под российским правлением» («пол.O krzyach pod rzdem rosyjskim») (Познань 1893).
Владислав Кнапинский также интересовался и собирал документы о преследовании униатов на Холмщине и представил их русскому царю. «Рассказы из русского „государственно-церковного права“» («пол.Opowiadania z rosyjskiego „prawa pastwowo-kocielnego“») (Познань, 1890) были переведены на немецкий язык. В 1909 году вышел на пенсию.