Кнустер — воспитанник клуба «Фейеноорд». Летом 2019 года Матс перешёл в «Хераклес». 9 февраля года в матче против амстердамского «Аякса» он дебютировал в Эредивизи[2]. 20 декабря 2020 года в поединке против «Херенвена» Матс забил свой первый гол за «Хераклес»[3]. Летом 2022 года Кнустер на правах свободного агента подписал контракт с венгерским «Ференцварошом». 31 июля в матче против «Академия Пушкаша» он дебютировал в чемпионате Венгрии[4].