Учреждено в 1843 году в связи с образованнем Ковенской губернии в составе Литовской епархии. Первоначально Ковенские епископы жили в Пожайском Успенском мужском монастыре близ Ковно. В 1921 году епископ Елевферий (Богоявленский) был возведен в сан архиепископа и назначен на Виленскую кафедру правящим архиереем[1]. В 1942 году возрождено, но после 1945 года не замещалось.