Койта — воспитанник французского клуба «Монпелье». 16 января 2009 года в матче против «Амьена» он дебютировал в Лиге 2[4]. По итогам сезона клуб вышел в элиту. 13 марта 2010 года в матче против «Осера» он дебютировал в Лиге 1[5]. В начале 2012 года для получения игровой практики Койта на правах аренды перешёл в «Ланс». 4 февраля в матче против «Амьена» он дебютировал за новый клуб[6]. 2 марта в поединке против «Лаваля» Бенгали забил свой первый гол за «Ланс»[7].
Летом 2012 года Койта был арендован «Гавром». 17 сентября в матче против «Анже» он дебютировал за новую команду[8]. 9 ноября в поединке против «Клермона» Бенгали забил свой первый гол за «Гавр»[9].
Летом 2013 года Койта перешёл в «Кан». 2 сентября в матче против «Меца» он дебютировал за новую команду[10]. 18 октября в поединке против «Шатору» Бенгали забил свой первый гол за «Кан»[11]. Летом 2015 года Койта перешёл в английский «Блэкберн Роверс». 8 августа в матче против «Вулверхэмптон Уондерерс» он дебютировал в Чемпионшипе[12].
Летом 2021 года Койта подписал контракт с клубом «Трабзонспор». 23 августа в матче против «Сивасспора» он дебютировал за новую команду[16]. По итогам сезона Койта помог клубу выиграть чемпионат страны.
