Комесанья — воспитанник клуба «Валь Минор». В 2015 году Санти начал профессиональную карьеру в клубе «Корухо»[2]. 22 августа в матче против «Атлетико Асторга» он дебютировал в Сегунде B[3]. В этом же поединке Санти забил свой первый гол за «Корухо». 6 декабря в матче против «Компостелы» он сделал хет-трик[4]. Летом 2016 года Комесанья перешёл в «Райо Вальекано», подписав контракт на 4 года[5]. 28 августа в матче против «Реал Вальядолид» он дебютировал в Сегунде[6]. В 2017 году в поединке против «Жироны» Санти забил свой первый гол за «Райо Вальекано». В 2018 году Комесанья помог команде выйти в элиту. 25 августа в матче против «Атлетико Мадрид» он дебютировал в Ла Лиге[7].