Сесар Кортес начинал свою игровую карьеру в клубе «Универсидад Католика», в 2003 году на правах аренды перешёл в «Пуэрто-Монтт». Там он хорошо отыграл весь сезон, забив 10 мячей в 36 играх, после чего вернулся в «Универсидад Католику». Из-за сильной конкуренции в команде, Кортес не смог заиграть в команде. Он забил свой единственный гол за команду 1 ноября 2005 года в матче против «Unin San Felipe»[1].