За «Данубио» Гильермо дебютировал 15 февраля 2014 года в матче против «Ливерпуля»[3]. В своём дебютном сезоне ему удалось стать чемпионом страны. В сезоне 2014/15 игрок стал одним из основных защитников команды. Всего за «дунайцев» он провёл двадцать пять матчей уругвайского чемпионата.
В феврале 2015 года Гильермо присоединился к казанскому «Рубину» на правах аренды. 3 марта в матче Кубка России против московского «Локомотива» он дебютировал за казанскую команду[4]. 9 марта в поединке против тульского «Арсенала» Котуньо дебютировал в РФПЛ[5]. 20 июня Гильермо подписал с «Рубином» пятилетний контракт[6].
