После упразднения войсковых чинов Войска Запорожского, был членом малороссийской коллегии в чине тайного советника. В 1750 году ездил в Санкт-Петербург в составе выборных депутатов с просьбой об утверждении гетманомКирилла Разумовского[1].
Семён Васильевич с осени 1746 года был женат на Ксении Герасимовне Демешко-Стрешенцовой, стал основателем первой ветви рода Кочубеев, которая прервалась в 1870 году со смертью его душевнобольного правнука Николая (сына С. М. Кочубея)[1]. Дочь Надежду выдал в 1765 году замуж за полковника Петра Сергеевича Потемкина.
Кавалер одена Святой Анны (1771)[2] Семён Васильевич Кочубей скончался 13 (24)декабря 1779 года и был погребён в каменной церкви села ДубовичиГлуховского уезда.