Кристальдо — воспитанник клуба «Бока Хуниорс». 17 ноября 2014 года в матче против «Арсенала» из Саранди он дебютировал в аргентинской Примере[1]. 29 марта 2015 года в поединке против «Эстудиантеса» Франко забил свой первый гол за «Бока Хуниорс»[2]. В том же сезоне он стал чемпионом страны и завоевал Кубок Аргентины. В начале 2016 года для получения игровой практики Кристальдо на правах аренды перешёл в испанский «Эльче», выступающий в Сегунде[3]. 16 апреля в матче против «Луго» он забил свой первый гол за новую команду[4].
