С 1983 по 1994 годы в рядах действующей армии прошёл должности от командира мотострелкового взвода до командующего группировкой войск. С 1994 по 2001 годы занимал должности начальника отдела, заместителя начальника управления, начальника управления службы войск и безопасности военной службы Генерального штаба Вооруженных Сил Кыргызстана. В 1999—2000 годах участвовал в уничтожении международных бандформирований на территории Баткенской области.
В ноябре 2009 года Распоряжением Президента Кыргызстана был назначен на должность начальника Генерального штаба Вооруженных Сил — первого заместителя министра обороны страны.
С июля 2010 года по декабрь 2011 года занимал должность министра обороны Кыргызстана[2].
При формировании очередного состава правительства в апреле 2014 года вновь был назначен министром обороны Кыргызстана[3].
12 октября 2012 года Антикоррупционной службой Государственного комитета национальной безопасности Кыргызстана в отношении Кудайбердиева и ряда приближённых к нему должностных лиц были возбуждены уголовные дела по подозрению в злоупотреблении служебным положением и растрате[4]. В тот же день Указом президента страныАлмазбека Атамбаева министр обороны был отправлен в отставку[5][6]. В апреле 2018 года расследование уголовных дел было приостановлено[7].
Награждён именными часами Президента Кыргызской Республики (2011) за значительный вклад в поступательное и устойчивое развитие и становление государственной власти[8].