Работал помощником прокурора по общему надзору, старшим помощником прокурора и прокурором Смидовичского района, начальником следственного отдела прокуратуры области.
В 1994 году стал заместителем прокурора Еврейской автономной области.
В 1997 году возглавил прокуратуру Еврейской автономной области.
В октябре 2006 года Куденеев переведён на должность начальника управления по надзору за законностью уголовных наказаний и содержания под стражей обвиняемых в следственных изоляторах Генпрокуратуры.
30 сентября 2015 года президент России Владимир Путин освободил от занимаемой должности прокурора Москвы Сергея Куденеева в связи с отставкой за выслугой лет[4].
Орден Почёта (15 ноября2013 года) — за активную законотворческую деятельность, заслуги в укреплении законности, защите прав и интересов граждан и многолетнюю добросовестную работу[6]