В 1935 году С. Н. Кудряшев перешёл в Комитет наук при совнаркоме Узбекистана, впоследствии расформированном в Узбекский филиал АН СССР. В 1936 году он получил степень кандидата биологических наук, в 1937 — сельскохозяйственных наук. С 1940 года занимался преподавательской деятельностью на факультете ботаники Ташкентского педагогического института. В 1942 году Серафим Николаевич был назначен директором Института ботаники и почвоведения.