Занимался полевыми исследованиями флоры Латвии и Эстонии, став одним из пионеров изучения здешней природы и её охраны[2]. Был вице-председателем, затем с 1921 г. председателем Рижского общества естествоиспытателей. Собрал гербарий прибалтийской флоры объёмом около 26000 листов (до 1200 видов), который ныне хранится в Ботаническом музее Латвийского университета.
Главной областью научных интересов Купфера была география растений. Его монография «Основы ботанической географии восточно-балтийских земель» (нем.Grundzge der Pflanzengeographie des Ostbaltischen Gebiets; 1922) стала важным источником по ботанической регионалистике.