12 декабря 1797 года Лебедев получил чин генерал-майора и назначение на должность коменданта Оренбурга и шефа Оренбургского гарнизонного полка. В следующем году он предпринял большой поход в степь «для отражения набегов киргиз-кайсацких скопищ на торговые пути в южных пределах Оренбургской губернии», и за успешное выполнение этого предприятия 23 ноября 1799 года произведён в генерал-лейтенанты. В 1799—1802 годах Лебедев был председателем Оренбургской пограничной комиссии[1]
4 марта 1800 года Лебедев был назначен Тобольским комендантом и шефом Тобольского гарнизонного полка.
20 августа 1807 года он по причине расстроенного здоровья подал в отставку и выехал в Смоленскую губернию в своё имение.
После начала вторжения Наполеона в Россию император Александр I объявил манифест о созыве внутреннего ополчения. Лебедев из своих крепостных крестьян сформировал егерскую роту и затем выбран предводителем ополчения Смоленской губернии. 5 и 6 августа он участвовал в отражении французов от Смоленска и за отличие был награждён орденом св. Анны 1-й степени с алмазными знаками. Вслед за тем он со вверенными ему ополченческими подразделениями участвовал в Бородинском бою. После сражения под Малоярославцем Лебедев тяжело заболел и оставил действующую армию.
Награды
За Бородинское сражение он был представлен к ордену св. Владимира 2-й степени, но не успел получил этот орден, поскольку 25 декабря 1812 года скончался в Калуге (из списков исключён 6 января 1813 года); там же он и был похоронен в Лаврентьевом монастыре.
Степанов В. С., Григорович П. И. В память столетнего юбилея императорского Военного ордена Святого великомученика и Победоносца Георгия. (1769—1869). — СПб., 1869