Издаётся с 1995 года на средства бюджета Санкт-Петербурга. Редактор — сотрудник РНБАнатолий Яковлевич Разумов, руководитель Центра «Возвращённые имена»[1].
На 2016 год издано 13 томов.
Всего Ленинградский мартиролог будет состоять из 17-ти томов о жертвах репрессий в РСФСР (Красный террор) в Петрограде, Большого террора (ежовщины), репрессий военного и послевоенного времени в Ленинграде и Северо-Западе.