Воспитанник команд «Менинос да Параиба» и «Спорт Ресифи»[1]. 29 января 2024 года Педро Лима дебютировал в матче Лиги Пернамбукано против клуба «Афогадус»[2]. Свой первый гол в профессиональном футболе забил три дня спустя в матче того же турнира против «Фламенго де Арковерди»[3]. 28 февраля 2024 года сыграл в матче Кубка Бразилии против клуба «Трен»[4]. 20 апреля 2024 года дебютировал в Серии B, выйдя в стартовом составе на матч против «Амазонас»[5].
2 июля 2024 года английский клуб «Вулверхэмптон Уондерерс» объявил о трансфере Педро Лимы[6]. 28 августа 2024 года он дебютировал за новую команду, выйдя в стартовом составе на матч Кубка Английской лиги против «Бернли». «Волки» выиграли встречу со счётом 2:0, а Лима отличился голевой передачей на первый гол Гонсалу Гедеша[7]. 6 января 2025 года впервые сыграл в Премьер-лиге, начав с первых минут матч против «Ноттингем Форест»[8][9].