МГЭ, такие как транспозоны, являются важным инструментом формирования ответных реакций на внешние и внутренние стимулы по принципу «если»—«то». В зависимости от вида, транспозонами могут являться от 15 до 80 процентов всей ДНК.
Некоторые виды МГЭ являются «генетическими паразитами», вызывая мутации в генетическом материале организма хозяина и понижая его приспособленность за счёт траты энергии на репликацию и синтез белков паразита. Они являются важным механизмом изменчивости и обмена генетическим материалом между организмами одного вида и разными видами.