Мадль начал профессиональную карьеру в венской «Аустрии». В 2004 году он дебютировал в австрийской Бундеслиге. Летом 2007 года Микаэль в поисках игровой практики на правах аренды присоединился к инсбрукскому «Веккеру». После окончания аренды Мадль вернулся в «Аустрию» и помог ей завоевать Кубок Австрии. Летом 2010 года Микаэль перешёл в «Винер-Нойштадт». 17 июля в матче против ЛАСКа он дебютировал за новую команду[3]. 2011 году в поединке против своего бывшего клуба «Аустрии» Мадль забил свой первый гол за «Винер-Нойштадт».
Летом 2012 года Михаэль перешёл в «Штурм». 21 июля в матче против «РедБулл Зальцбург» он дебютировал за команду из Граца[4]. 20 апреля 2013 года в поединке против «Маттерсбурга» Мадль забил свой первый гол за «Штурм»[5].
В начале 2016 года Михаэль на правах аренды перешёл в английский «Фулхэм». 13 февраля в матче против «Куинз Парк Рейнджерс» он дебютировал в Чемпионшипе[6]. Через неделю в поединке против «Чарльтон Атлетик» Мадль забил свой первый гол за «Фулхэм»[7]. По окончании аренды «дачники» выкупили трансфер Микаэля у «Штурма». В начале 2018 года он вернулся в «Аустрию».
