Завершив карьеру игрока Нил Макдональд перешёл на тренерскую работу. Получив лицензию «Pro», он возглавил родной «Карлайл Юнайтед». Позднее англичанин работал в Швеции с «Эстерсундом»[1].
Долгое время Макдональд работал помощником у Сэма Эллардайса в «Блэкберн Роверсе» и «Вест Хэме». В 2009 году во время операции на сердце у «Большого Сэма», Макдональд исполнял обязанности главного тренера «Блэкберна» в четырёх матчах[2].
Затем специалист самостоятельно руководил «Блэкпулом» и ирландским с «Лимериком», а также входил в тренерский штаб «Халл Сити». В мае 2018 года Нил Макдональд был назначен на должность ассистента наставника в клубе «Суиндон Таун»[3].
В мае 2021 года Макдональд стал ассистентом Мэттью Тейлора в «Уолсолле»[4]. Ранее тренеры работали вместе в «Суиндон Тауне». 9 февраля после отставки Тейлора Макдональд стал исполнять обязанности наставника "шорников". Под его руководством они провели матч против «Транмир Роверс», в котором добились минимальной победы (1:0), прервав свою семиматчевую серию из поражений[5]. 15 февраля специалист покинул «Уолсолл» после того, как на пост наставника был назначен Майкл Флинн[6]. До конца сезона Макдональд трудился в штабе клуба низшей лиги «Барроу»[7].
Ex-Magpie Lands Swedish Post. Newcastle United official website. 11 сентября 2007. Дата обращения: 11 сентября 2007.{{cite news}}: Википедия:Обслуживание CS1 (url-status) (ссылка)