Мамаду Фофана — воспитанник малийского клуба «Стад Мальен». В январе 2016 года он перешёл в турецкий «Аланьяспор». 14 января 2017 года малиец дебютировал в турецкой Суперлиге, выйдя в основном составе в домашней игре с «Ризеспором»[2]. В конце того же месяца Фофана был отдан в аренду до конца сезона клубу турецкой Первой лиги «Бандырмаспор».
5 июля 2018 года Фофана перешёл во французский клуб «Мец», с которым заключил контракт на четыре года[3].
12 августа 2021 года подписал 5-летний контракт с клубом «Амьен»[4].
