Воспитанник футбольной школы греческого клуба «Паниониос», в составе которого сыграл семь сезонов (итого 164 матча). Большую часть времени выступал в основном составе клуба. В 2009 году подписал с «Панионисом» четырёхлетний контракт[3], но уже 2011 году перешёл в «Олимпиакос», в составе которого завоевал титул чемпиона Греции.
Маниатис стал популярным благодаря видео с матча против команды «Панатинаикос» 18 марта 2012 года: после того, как его одноклубник нарушил правила против Йоргоса Карагуниса, Маниатис вступил в спор с судьёй, вытаращив в буквальном смысле глаза[4][5].