Маркондес начал заниматься футболом в девятилетнем возрасте[3], его первым клубом был «Видовре». В 2010 году он перевёлся в молодёжную команду клуба «Норшелланн». В сезоне 2012/13 Эмилиано стал привлекаться в первую команду клуба. В 2012 году он дебютировал на профессиональном уровне, сыграв за «Норшелланн» в кубковом матче[4]. 7 апреля 2013 года в матче против «Хорсенс» Маркондес дебютировал в датской Суперлиге[5]. 11 мая 2014 года в поединке против «Виборга» Эмилиано забил свой первый гол за «Норшелланн»[6].
В июле 2017 года Маркондес, чей контракт с «Норшелланном» заканчивался в конце года, согласовал предварительное соглашение на три с половиной года с английским «Брентфордом». Сезон он доиграл в Дании, а с 1 января 2018 года официально перешёл в «Брентфорд»[4]. 6 января в поединке Кубка Англии против «Ноттс Каунти» Эмилиано дебютировал за основной состав[7].
11 января 2023 года была объявлено, что остаток сезона футболист проведет в аренде в датском клубе «Норшелланн».
Вторую половину сезона 2023/24 Эмилиано так же провёл в аренде — в шотландском «Хиберниане». По итогам сезона его гол в ворота «Сент-Джонстона» был признан лучшим голом сезона[8]. Тем не менее «Борнмут» не стал предлагать датчанину новый контракт и он покинул клуб свободным агентом[9].