Пабло Мартинес начинал карьеру футболиста в парагвайском клубе «3 февраля». 11 февраля 2018 года он дебютировал в парагвайской Примере, выйдя на замену в домашнем матче против «Серро Портеньо»[1].
В июле 2018 года Мартинес на правах аренды перешёл в аргентинский «Ланус».