Клуб был основан в 1965 году, под именем «ФК Ямага», игроками, посещавшими кафе под названием Yamaga у вокзала города Мацумото. В 2004 году клуб был переименован в «Мацумото Ямага», когда некоммерческая организация Alwin Sports Project поддержала клуб с целью продвижения его в дальнейшем в Джей-лигу.