Состоит из двух слоёв: поверхностного и глубокого. Поверхностный слой является продолжением ауэрбахова сплетения, располагается рядом с циркулярным мышечным слоем и состоит из нервных пучков, образующих петли, расположенные вдоль поперечной оси кишки. Размеры ганглиев мейсснерова сплетения значительно меньше ганглиев ауэрбахова сплетения.
Поверхностный слой сплетения регулирует, в основном, моторику органов желудочно-кишечного тракта, а глубокий слой сплетения — секрецию.