Мелендес — воспитанник клуба «Мотагуа». 30 октября 2016 года в матче против «Сосьяль Соль» он дебютировал в чемпионате Гондураса[2]. 12 декабря 2020 года в поединке против «Платенсе» Кристиан забил свой первый гол за «Мотагуа»[3]. В 2022 году игрок помог клубу выиграть чемпионат. В 2023 году Мелендес на правах аренды перешёл в Лобос УПНФМ. 31 июля в матче против «Мотагуа» он дебютировал за новую команду[4]. По окончании аренды игрок вернулся в «Мотагуа».
.svg){kind=link}