Мендисабаль начал карьеру в клубе Крус Асуль. В 1972 году он дебютировал за основной состав в мексиканской Примере. В 1978 году Гильермо помог команде выиграть национальное первенство, а через год повторил достижение. За Крус Асуль он выступал почти десять лет, сыграв за это время более 300 матчей во всех турнирах. В 1983 году Мендисабаль присоединился к Эстудиантес Текос и отыграл за клуб два сезона. В 1985 году Гильермо покинул Мексику и заключил соглашение с испанским Райо Вальекано, но уже по окончании сезона вернулся на родину, став игроком Гвадалахары. В 1987 году он стал чемпионом страны.
