В течение 27 лет в 1961—1988 годах возглавлял Музей Соломона Гуггенхайма в Нью-Йорке. Организовал в 1973 году первую в США ретроспективную выставку Казимира Малевича (около 50 картин из коллекции Стеделийк-музея в Амстердаме, Музея современного искусства в Нью-Йорке (MoMA) и частных собраний). Под руководством Мессера Музей Гуггенхайма осуществил пять значительных выставок Василия Кандинского. В 1981—1982 годах музей провёл сенсационную выставку «Авангард в России» (из коллекции Георгия Костаки), фактически открывшую западу русский авангард.