В 2006 году Мессина оказался вовлечён в громкий скандал в итальянском футболе. В июле 2007 года Мессина объявил о намерении завершить карьеру по окончании сезона 2007/08, поскольку ему к этому времени исполнится 45 лет — возраст, установленный ФИФА, по достижении которого арбитр должен прекратить судить матчи на высшем уровне.