Команда создана в 2024 году, вскоре после вылета «Металлиста 1925» из Премьер-лиги, на базе юношеской команды клуба, в сезоне 2023/24 участвовавшей в чемпионате U-19[2]. Дебютную игру на профессиональном уровне резервисты харьковчан провели 8 августа 2024 года, в гостевом матче уступив футбольному клубу «Чернигов» со счётом 8:2. Первым голом «Металлиста 1925-2» во Второй лиге отличился капитан команды Руслан Ткаченко[3]. Первый свой профессиональный сезон «Металлист 1925-2» закончил на 8-й позиции в турнирной таблице своей группы Второй лиги. По окончании сезона 2024/25, после выхода основной команды клуба в УПЛ и восстановления выступлений клуба в чемпионате U-19, вторая команда харьковчан была расформирована.